나주는 천년목사골인만큼 나주목사가 머물던 관아가 자리 잡았고 그만큼 유림들의 위세도 막강했다. 나주시 과원동, 금계동에 있는 나주목 관아와 향교는 2007년 7월 31일 사적 제 483호로 지정되었다.
그 이유는 첫째, 나주는 농업이 산업의 근간을 이루던 삼국시대 때부터 곡창지대로 풍요를 누리던 지역이었고, 고려왕조부터 조선왕조까지 약 1,000년 동안 목으로서의 지위를 유지한 전라도의 대표적 고을이었다.현존하는 관아 건물과 향교 건물들도 그에 맞는 수준의 위엄을 보여주고 있어 중세사회를 연구하는데 상당한 가치가 있다는 점이 평가되었다.
둘째, 나주 향교는 평지에 들어선 전묘후학의 배치형태를 띠고 있는 전형적인 조선시대 향교의 건축모범을 보여주는 사례이다. 특히 보물 제 394호로 지정되어 있는 대성전은 그 규모가 대단히 웅장할 뿐 아니라 양식, 격식이 뛰어나 조선후기 향교건축을 대표할 수 있어 건축학적 가치가 크다. 또한 나주향교는 조선시대 교육시설의 규모를 따지면 성균관 다음이라고 말할 수 있을 정도로 규모가 클 뿐 아니라 교육과 제사의 고유기능을 간직하고 있어 중요한 가치를 지니고 있다.