천동서원은 1702년 문간공 이민서를 배향하기 위하여 후손들이 천동마을 입구에 창건하였다.

이후 1724년서원이 1차 훼철되었다가 그 이듬해인 1725년 사림이 연명하여 상소하여 다시 중건되었다.

1차 중건이후 30여년이 지난 1755년 문간공의 차자인 한포공 이건명이 추배되고 1777 문간공의 장자인 병산 이관명을 2차 추배되었다. 이후 1781년 1차 보수되었고 이듬해인 1782년 후손과 유림이 뜻을 모아 천동서원 묘정비를 건립하였다. 비의 규모는 높이 222㎝, 넓이 97㎝, 두께 26㎝이다.

이 비는 조선후기 나주지역의 문중사우에 대한 상황을 알려주는 중요한 자료로 비에 새겨진 천동서원에 대한 내력과 더불어 비석의 조각 수법 등이 뛰어나 당시 나주 지역의 문화상을 이해하는데 많은 도움을 준다.