나주 목사내아는 조선시대 때 목사가 정무를 보던 동헌의 근처에 있던 살림집을 말한다. 따라서 건물 구조는 살림채의 형태인 상류 주택의 안채와 같은 평면을 이룬다. 내아의 처음 건립 연대는 알 수 없으나 현재의 안채 상량문에 순조 25년(1825) 7월 1일 2추를 놓고 7월 20일 상량하였다는 기록과 문간채는 고종 29년(1892)에 건립된 것으로 보아 19세기에 현재 모습으로 건축된 것으로 여겨진다.

내아는 일제강점기 이후 군수 관사로 사용하면서 개수하여 원형이 상실되었으나 최근 완전 해체 복원하였다. 나주 목사내아는 객사, 관아문루, 내아가 함께 현존하고 있는 것은 관아 건축의 원형의 일부라도 알 수 있다는 점에서 중요한 의의를 지닌다.